2008年以来，东莞、佛山、广州等地先后开展了基本农田保护经济补偿制度试点。2012年，广东率先建立和实施全省范围内的基本农田保护经济补偿制度，对承担基本农田保护任务的农村集体经济组织、国有农场等集体土地所有权单位和国有农用地使用权单位给予补贴。
据介绍，各地级以上市根据本地区的实际情况，以县（市、区）为单位确定具体补贴标准；省财政按照30元/亩·年标准给予补贴。其中广州、珠海、顺德区等经济较发达的地级以上市和县（市、区）按省级补助标准的50%执行。补助资金主要用于基本农田后续管护、农村土地整治、农村集体经济组织成员参加农村养老保险和农村合作医疗等支出。
各地出台的基本农田保护经济补偿制度实施一般按照地类或区位实施差别化分类补贴标准。例如，广州市对老城区基本农田按照500元/亩·年的标准、新城区按照300元/亩·年的标准、县级市按照200元/亩·年的标准发放补助资金。东莞市对基本农田实有耕地面积按照500元/亩·年的标准、林地面积按照100元/亩·年的标准发放补助资金。
省国土资源厅负责人表示，建立耕地和基本农田保护补偿机制，有效推进了工业反哺农业、城市反哺农村，增加耕地保护和基本农田保护重点地区的经济收入，将提高农村集体经济组织等耕地和基本农田保护单位保护耕地的积极性，促进土地资源利用与保护良性循环机制形成，最终实现土地资源的可持续利用。
