《意见》提出，各地要严把项目审批关，强化项目指导关，落实资产监管关，县（市、区）将根据省财政下达的专项资金额度和相关要求，从项目库中自主确定符合支持条件的农民合作社，获得支持的农民合作社必须进入项目库的省级以上示范社且连续正常经营2年以上、成员人数100户以上、可分配盈余按交易量（额）返还比例达到60%以上。
获得扶持的农民合作社独立编制项目实施方案，经县（市、区）农业行政主管部门和财政部门审查通过后，以县（市、区）为单位将实施方案汇总报市（州）农业行政主管部门和财政部门审批备案。
财政扶持资金实行农民合作社独立申报项目，县农业部门和财政部门按照项目申报条件和程序，对不符合项目申报条件的农民合作社，县（市、区）级农业行政主管部门和财政部门不予推荐，市（州）级农业行政主管部门坚决不予审批备案。
在项目实施过程中，各级农业行政主管部门要切实加强农民合作社实施项目的指导和服务，加强项目资金使用的监管，严格使用审批手续；实行专账管理、专款专用，严禁挤占、挪用、贪污、私分项目资金。
项目实施完成后，财政资金所形成的资产以账面价值，按农民合作社登记在册的成员人数，平均量化到全体成员，计入成员账户，参与农民合作社年终盈余分配，确保财政扶持惠及每一个成员，同时要向全体成员公开财政资金的使用情况，防止和纠正极少数强势成员独享政府扶持的行为。
