效率低
现代农机合作社作用发挥的好坏，取决于经营规模的大小。目前，现代农机合作社普遍存在着作业量不够、经营规模不足的突出问题。一是土地规模经营面积相对不大，影响了大型农业机械作用的发挥。二是作业网格小，线杆阻拦、沟塘隔离、林网过密，不利于大机械行走，空运转时间太长，生产成本增加，经济效益降低，制约了大型农业机械作用的发挥。
缺资金
由于现代农机合作社投资规模大且发展速度快，因此也随之而来造成场、库、棚建设和生产流动资金缺口较大。一是机械设备更新换代需要资金。目前现代农机合作社部分农机设备存在老化现象，农机科技落后，有些配套农具已不适用，急需资金购进先进机械设备，以适应现代农业生产发展的需要。二是承包租赁土地需要资金。目前现代农机合作社自主经营的耕地面积较少，急需生产资金承包耕地扩大经营规模。当前现代农机合作社购买大型机械和承包租赁耕地都面临贷款难问题，场、库、棚建设和生产流动资金缺口较大，应引起相关部门的足够重视。
不合理
在机具配置结构方面也有不尽合理的地方。一是大型适用机具数量少，而且现有的现代农机合作社农机具品种单一，远远不能适应综合作业和标准化生产的需要。二是机具装备不配套。进口机具马力大，国产机具马力小，动力机械大马拉小车造成农机作业效率低、能耗大、损失多，严重制约了我国农业机械化水平的提高。农机动力与机具的配置也不合理，新技术装备中的作业机具有效供给不足、农机配套比例过低已成为我国农业机械化的一块“短板”。
